Makeda Robinson, MD, PhD, est un spécialiste des maladies infectieuses qui étudie actuellement les interactions virus-hôte dans les virus émergents à l'Université de Stanford. Chaque semaine, le Dr Robinson décompose des sujets complexes sur le COVID-19 et aborde des problèmes de santé publique urgents.
Avec des pénuries massives de tests, des tests inefficaces et une incapacité à mettre en œuvre des stratégies de test généralisées, les États-Unis sont en proie à des problèmes liés aux tests depuis le début de cette pandémie. Cependant, alors que la technologie rattrape l'évolution des informations sur le SRAS-CoV-2, les scientifiques commencent à développer des tests innovants, rapides et précis qui peuvent aider à freiner la propagation du COVID-19.
L'un de ces tests, SalivaDirect, a obtenu une autorisation d'utilisation d'urgence (EUA) par la Food and Drug Administration (FDA) des États-Unis en août et a le potentiel de modifier l'infrastructure des procédures de test aux États-Unis. Comment fonctionne ce test? Comment se compare-t-il aux autres tests qui ont reçu l'EUA? Le Dr Robinson s'est entretenu avec Verywell Health sur les dernières options de test.
Verywell Health: Comment fonctionne SalivaDirect et pourquoi a-t-il attiré autant d'attention récemment?
Dr Robinson: SalivaDirect oblige les utilisateurs à collecter leur propre salive dans un récipient stérile où elle est ensuite envoyée à un laboratoire pour traitement. (Note de l'éditeur: selon la FDA, l'échantillon doit être prélevé sous la supervision d'un médecin.) L’une des raisons pour lesquelles ce test a retenu tant d’attention est qu’il est rapide, bon marché et facile.
Pour rendre ce test plus largement disponible, des chercheurs de la Yale School of Public Health ont testé SalivaDirect à l'aide de plusieurs machines et ont constaté que leur protocole ne nécessitait pas la machine d'un fournisseur spécifique pour fonctionner efficacement. Cela signifie que les laboratoires intéressés par l'utilisation de ce test n'auront probablement pas besoin d'acheter d'équipement spécial pour exécuter ce test. Il s'agit d'un problème important lorsque l'on pense aux goulots d'étranglement de la chaîne d'approvisionnement.
Ces modifications innovantes entraînent une réduction des coûts et des délais d'exécution plus courts. Avec SalivaDirect, nous recherchons moins de 24 heures pour les résultats et un coût par test de moins de 10 $ pour le public. Le coût est un problème majeur lorsque vous songez à intensifier les tests, en particulier dans les pays à revenu intermédiaire ou faible qui peuvent souhaiter effectuer des tests de population plus larges. Alors que nous cherchons à intensifier les tests de diagnostic pour inclure les personnes sans symptômes, SalivaDirect pourrait être une excellente option.
Verywell Health: Comment les chercheurs ont-ils pu faire un test plus rapide et moins cher? En quoi sa technologie est-elle différente?
Dr Robinson: Les chercheurs qui ont créé le test ont apporté deux modifications majeures aux tests PCR standard.
Premièrement, ils n'incluaient pas de composés spécifiques couramment utilisés lors du prélèvement d'échantillons, ce qui réduisait considérablement le coût de fabrication de SalivaDirect. Ces conservateurs d'acide nucléique sont généralement ajoutés au récipient de collecte pour améliorer l'intégrité de l'ARN de votre échantillon. Avec SalivaDirect, les chercheurs ont évalué si les conservateurs étaient nécessaires lors des tests de dépistage du SRAS-CoV-2, et ils n'ont trouvé aucune différence significative dans la précision des tests lorsqu'ils étaient exclus. En fait, ils ont constaté une amélioration de la détection après sept jours à des températures chaudes.
La deuxième chose qu'ils ont modifiée - qui peut avoir une plus grande influence sur le résultat du test - est l'étape d'extraction de l'ARN. Cette étape est utilisée pour concentrer et extraire l'ARN des échantillons d'échantillons afin d'améliorer la précision du test. La majorité de nos tests diagnostiques actuels de PCR SARS-CoV-2 utilisent cette étape, qui nécessite des kits d'extraction d'acide nucléique spéciaux. Malheureusement, nous avons manqué de ces kits tout au long de la pandémie. Le protocole SalivaDirect supprime l'étape d'extraction de l'ARN.
Afin d'éliminer cette étape tout en conservant la précision, les scientifiques qui ont créé SalivaDirect ont remplacé l'extraction d'ARN par l'ajout d'une enzyme, la protéinase K. La protéinase K peut inactiver les protéines qui peuvent dégrader l'ARN dans les échantillons.
Verywell Health: Comment SalivaDirect se compare-t-il aux autres tests de diagnostic salivaire pour le SRAS-CoV-2?
Dr Robinson: Je pense que, en partie, SalivaDirect se démarque des autres tests diagnostiques par son amélioration du coût et de l'accessibilité. En avril, la FDA a publié sa première EUA pour un test de salive créé par le laboratoire de génomique clinique Rutgers. Ceci est actuellement disponible dans le commerce, mais il coûte 150 $, il y a donc une grande différence de prix entre cela et SalivaDirect. [Le test de Rutgers], cependant, est plus conforme aux tests PCR traditionnels, car les médecins effectuent une étape d'extraction d'ARN.
Verywell Health: Comment SalivaDirect se compare-t-il aux écouvillons nasopharyngés standard?
Dr Robinson: Une différence importante est que vous pouvez prélever vous-même un échantillon de salive. Lors d'un prélèvement nasopharyngé, vous pouvez ressentir une augmentation de la toux et des éternuements, ce qui met en danger l'agent de santé qui administre le test.
Qu'est-ce qu'un écouvillon nasopharyngé?
Un prélèvement nasopharyngé prélève un échantillon du fond du nez, atteignant le fond de la gorge.
Les tests de salive peuvent également être un peu plus cohérents. Les résultats d'un test sur écouvillon nasopharyngé peuvent dépendre de la personne qui obtient l'échantillon. Le facteur humain peut jouer un rôle majeur si l'écouvillon n'est pas placé suffisamment profondément pour obtenir un échantillon suffisant.
De plus, de nombreuses personnes trouvent inconfortable de passer un test sur écouvillon. Un test de salive peut donc être bénéfique si davantage de personnes sont disposées à se faire tester pour des raisons de facilité et de confort.
Verywell Health: Pensez-vous que les tests salivaires pourraient remplacer les tests sur écouvillon nasopharyngé?
Dr Robinson: Je pense que les deux tests ont leur place dans l'industrie de la santé.
Les tests de salive peuvent être plus utiles en ambulatoire avec des personnes qui présentent des symptômes bénins. Mais les patients déjà hospitalisés peuvent avoir plus de difficultés à produire suffisamment de salive. Des problèmes tels que la sécheresse de la bouche et une augmentation de la production de mucus ou de sang peuvent inhiber la procédure de test.
Sensibilité vs spécificité
- La sensibilité est le pourcentage de personnes infectées qui présentent un résultat de test positif.
- La spécificité est le pourcentage de personnesne pasinfectés qui montrent en fait un résultat de test négatif.
Verywell Health: Quels sont les niveaux de sensibilité et de spécificité de SalivaDirect?
Dr Robinson: Le test SalivaDirect semble avoir une légère réduction de sensibilité par rapport au test PCR standard car il ignore cette étape d'extraction d'ARN. Cependant, il fallait s'y attendre. Cette réduction de sensibilité conduira à davantage de faux négatifs. Trois des 41 patients positifs seront manqués par SalivaDirect.
Pour déterminer la spécificité, les chercheurs ont examiné si cette stratégie de test conduirait à une réactivité croisée pour la grippe. Ce test conduirait-il à des résultats faussement positifs chez les personnes atteintes de la grippe mais non atteintes du SRAS-CoV-2? Ils ont testé des échantillons des souches grippales des deux années précédentes et ont constaté que leur test n’avait pas de réaction croisée avec ces souches grippales, ce qui signifie qu’il est hautement spécifique pour le SRAS-CoV-2.
Verywell Health: Selon vous, quels autres tests de diagnostic approuvés pourraient changer la donne?
Dr Robinson: La llumina (COVIDSeq) est une autre approche de test qui a ses propres avantages uniques. Il peut traiter jusqu'à 3 000 échantillons à la fois, produisant des résultats en 24 heures. [Les chercheurs] rapportent une sensibilité de 98% et une spécificité de 97%.
Ce test utilise des écouvillons nasopharyngés et oropharyngés, et non de la salive. Cependant, il se distingue des autres tests car il permet aux chercheurs de séquencer le virus et peut donner des informations sur les chaînes de transmission et les taux de mutation. Comme le virus SRAS-CoV-2 passe plus de temps à interagir avec le système immunitaire humain, il essaiera de trouver des moyens d'échapper à nos défenses en mutant. Ces mutations sont quelque chose que nous devons surveiller de près lorsque nous pensons aux vaccins et aux thérapeutiques et peuvent être surveillées à l'aide de la technologie de séquençage.
L'une des limites de cette stratégie de test est que des problèmes peuvent survenir en raison de la nécessité d'un équipement spécifique d'un fournisseur spécifique, ce qui pourrait entraîner des problèmes de chaîne d'approvisionnement.
Le test DETECTR est une autre approche de test de diagnostic avec EUA de la FDA. Il utilise plusieurs technologies avancées pour réduire le délai d'exécution à moins d'une heure, ce qui pourrait être vraiment transformateur.
Verywell Health: Comment l'abondance et l'accessibilité des tests rapides peuvent-elles contribuer à éclairer les politiques de santé publique et les efforts de confinement?
Dr Robinson: Je pense que nous avons actuellement les outils nécessaires pour contenir ce virus. Les mesures de santé publique à travers les efforts individuels d'utilisation du masque et de distanciation sociale ainsi que les tests de diagnostic et la recherche des contacts à grande échelle ont montré leur pouvoir de protéger nos communautés de la transmission du COVID-19.
Nous avons vu que ces mesures peuvent faire une énorme différence dans d’autres pays comme la Corée du Sud et Taïwan, qui se sont concentrés très tôt sur les efforts de confinement et ont maintenu le nombre de leurs cas à un niveau relativement bas. Des tests à domicile et rapides peuvent nous aider dans nos efforts, et ils sont un autre outil potentiel dans la boîte à outils pour une réouverture en toute sécurité.
Par exemple, comme certaines entreprises commencent à réfléchir à la logistique du retour d'un sous-ensemble d'employés au bureau, des protocoles de test rapides à domicile pourraient nous permettre de commencer à le faire de manière beaucoup plus sûre. Idéalement, nous nous baserions sur le trio d'hygiène des mains, de masques et de distance sociale, en ajoutant des tests rapides à domicile et une recherche des contacts plus avancée basée sur la technologie. Ces approches pourraient également être appliquées au milieu scolaire.
Compte tenu de l'impact extraordinaire de cette pandémie, j'ai l'impression qu'il y a parfois un sentiment d'impuissance, mais je crois que le moment est venu d'investir dans nos communautés et de commencer à ouvrir les yeux sur la nécessité d'investissements fondamentaux dans l'infrastructure de santé publique. Nous ne sommes pas plus à l'abri du prochain virus sans nom que nous ne l'étions au début de 2020.
Verywell Health: Il a été démontré que bon nombre de ces tests rapides peu coûteux ont une sensibilité plus faible. Pensez-vous qu'il est plus important d'avoir des tests très précis ou des tests accessibles?
Dr Robinson: Cela dépend en grande partie de ce que vous essayez d’accomplir avec des tests de diagnostic. Nous utilisons des tests de diagnostic pour répondre à plusieurs questions, notamment si une personne a une infection aiguë, si elle s'est rétablie ou si une personne a une infection asymptomatique.
Nous utilisons également ces tests pour obtenir des données à l'échelle de la population afin de mieux comprendre qui a déjà été infecté. Donc, en fonction de la question que vous posez, vous voudrez peut-être un test extrêmement sensible ou un test avec une meilleure évolutivité, c'est-à-dire un test bon marché et facile à utiliser que vous pouvez administrer à des populations plus importantes. Je ne dirais pas que l’un est plus important que l’autre, mais que le type de test doit être adapté à la question à laquelle vous essayez de répondre.
Je pense que les tests rapides à domicile peuvent être utiles pour éclairer la boîte noire de ceux qui sont des cas «infectés sans le savoir» ou asymptomatiques. Comme nous disposons maintenant de bons tests PCR standards précis, je pense que l'accent devrait être mis sur la validation de ces tests plus rapides et moins chers et sur la recherche de moyens de les mettre en œuvre de manière rationalisée.
Verywell Health: Existe-t-il des tests capables de détecter simultanément le COVID-19 et la grippe?
Dr Robinson: Oui. En juillet, la FDA a publié une EUA pour le test multiplex CDC Influenza SARS-CoV-2 (Flu SC2). Ce test est un test RT-PCR capable de différencier le SRAS-CoV-2 et deux types de grippe: le virus de la grippe A et le virus de la grippe B.
Le développement de ces types de tests avant la saison grippale est extrêmement important. Au fur et à mesure que nous avançons vers l'automne et que nous commençons à apprendre comment la réouverture des écoles et le retour au travail affectent la pandémie, des tests comme celui-ci aideront à éclairer les schémas thérapeutiques efficaces. Ces tests nous aideront également à comprendre la symptomatologie qui se chevauchent et à quel point les co-infections peuvent être courantes.
Verywell Health: Selon vous, quelle devrait être la prochaine étape des tests?
Dr Robinson: Je pense que l'amélioration de l'accès aux installations de test et la réduction du délai d'exécution sont les deux prochaines étapes cruciales de notre approche du SRAS-CoV-2.
Nous devons réfléchir stratégiquement à qui et où nous testons et créer des centres de tests diagnostiques dans les endroits durement touchés par le virus. Éduquer davantage les communautés sur le processus de dépistage et encourager les personnes qui ne sont peut-être pas elles-mêmes à haut risque mais qui interagissent avec des populations à haut risque, telles que celles vivant dans des maisons multigénérationnelles, pourrait avoir un impact profond et large sur le contrôle de la propagation du virus.
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